日を重ねるごとに、存在がさらに希薄になっていく義之。 もはや記憶どころか、彼そのものが人々の目に映らない。 小恋や渉にまで忘れ去られてしまった義之は、さすがに落胆の色を隠せなかった。 だが、由夢はそんな彼を励まし続け、かけがえのない思い出をつくろうとデートに誘う。 やがて彼らは海岸、神社、公園などさまざまな場所へ出かけた。それはデートというより散歩に近いかもしれない。 賑やかな場所に行くわけでもなく、ぶらぶらと歩くだけ。しかし、由夢にとっては、義之とともに楽しい時間を過ごせれば場所はどこでも構わなかった。 それぞれの場所でそれぞれの楽しさを満喫した彼女は、最後に義之を風見学園の屋上に連れていく。
　そこで由夢は、自分が予知夢を見ることができ、その予知夢で義之が消えてしまうことを知ったと打ち明ける。 スキー旅行のときも、自分の誕生日のときも、夢は全て正夢になった。だから、義之が消える運命も変えられない。 そう思った彼女は今、悔いのないよう自分の気持ちを初めて伝える。「兄さんが大好き」と。 それと同時に、ずっと抑えていた想いがたちまちあふれ、やがてそれは涙となって頬を伝った。 大好きな兄の胸に飛び込み思い切り泣いたあと、由夢は体を離しついに別れを決意。 最後にこの上ない笑顔を見せた彼女は、義之を音姫のもとへ送り出す。 姉も、彼への気持ちを伝えられないままではきっと後悔すると考えたのだ。 そんな由夢に背中を押され、義之は駆け出した。やがて彼は、枯れ果てた桜の木の下で音姫の姿を見る。 だが、そこで義之はついに最後の時を迎えようとしていた……。

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　悩み、苦しみ抜いたすえ、音姫はついに桜を枯らした。 そして桜の花びらが四散すると同時に、義之も消える……はずだった。 実際は、彼の体はなぜか翌朝になってもまだ存在していた。 しかし、このまま消えずに済むとは思えない。 近いうちに訪れる、初音島から全ての桜が消えるその日が、自分にとっても最後の日となるかもしれない。 それは覚悟していることとはいえ、どうしても寂しさが募ってしまう。 さまざまな考えを頭に巡らせながら登校した義之は、その後の休み時間中、廊下で音姫と出くわす。 どんな言葉をかけるべきかわからないが、せめて笑顔で彼女に挨拶をしようとする義之。 しかし音姫は、何も返さずただ彼の横を通り過ぎるだけ。 その心は、義之を犠牲にしたという罪悪感と後悔に支配されていた。 だがその直後、２人は音姫とともにいた生徒会仲間のまゆきから衝撃の言葉を聞く。 彼女が、義之を見ても誰だかわからなくなっていたのだ。
　人々の記憶から、義之の存在が消えていく。 音姫はその事実にひどく落ち込むものの、何とか解決策を見つけようと学園の図書室で調べ物に明け暮れた。 そんなとき、読書レポートのため図書室を訪れていた由夢が音姫のもとへやってきた。 義之との別れの日が近いことを察していた彼女は、姉に対し義之と悔いのない生活を送るよう諭す。 しかし、音姫にとって後悔しないこととは、義之を救う策を見つけることだった。 それぞれの道で残りの日を過ごそうとする音姫と由夢。 だがその間にも、義之は次々と辛い事実に直面していた。 麻耶、ななか、そして杏や茜でさえも彼のことを忘れてしまい……。

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　音姫のことを案じているうちに眠ってしまった義之は、朝、家の前で彼女が別れを告げる声を聞いて、慌てて飛び起き外に出た義之だったが、すでに遅く、音姫の姿は見えなかった。 しかも先に登校したのかと思いきや、彼女は欠席扱いになっていた。 義之は、いてもたってもいられず登校と同時に早退し、理由を知らせず姿を消した音姫の行方を追うことに。 しかし、街ゆく人々に尋ねても何の手がかりも得られない。仕方なく一度朝倉家に戻ってみると、由夢が待っていた。 小恋たちから事情を聞いていた彼女は、焦る義之を落ち着かせるため家に招く。 だが、彼が一息ついたところ、眠気に襲われ、義之はそのまま深い眠りに落ちてしまう。
　眠った義之は、夢の中でさくらに出会い、全ての真相を打ち明けられた。 枯れない桜は本当に願いを叶えること。その木はさくらが研究したサンプルが元になっていること。 そして、彼女がその桜に願ったことで自分が作られたため、事故を防ごうと桜を枯らせば消えてしまうこと……。 自分の都合でみんなを不幸にした……と、涙をあふれさせ悔やみ続けるさくらだったが、義之は彼女に笑顔を向ける。 彼は自分という存在を生み出し、大切な人たちとの時間を過ごさせてくれたさくらを初めて「母さん」と呼び、感謝の気持ちを示すのだった。 その直後、夢から覚めた義之は、一人で悩み続ける音姫を救うべく駆け出した。もう彼女のいる場所はわかっている。 確信をもって枯れない桜の木のもとへ到着した義之は、そこで泣きはらしていた音姫に対し、島の人々のために自分の身を捧げる覚悟を伝えた。 そんな彼の決意を聞いた音姫が選んだ道は……。

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　音姫が、決意の表情を見せるさくらと別れた翌日。 彼女が突然いなくなったことを不思議に思う義之や由夢に対し、音姫は何も返すことができなかった。 枯れない桜の異常を止めるために、さくらが自身を桜に取り込ませたという事実を、彼らに知られるわけにはいかないのだ。 ２人に何とか笑顔を見せようとする音姫だったが、その日の登校中、彼女の表情は一気に曇ってしまう。 なんと、さくらが決死の覚悟を見せたにもかかわらず、また新たな事故が発生したのだ。 悪い夢はまだ終わっていないことに気付いた音姫は、さくらの代わりに状況を変えようと、昼休みに学校を抜け出して枯れない桜のもとへ向かう。 だが、結局彼女ができることは、桜を枯らすことだけ。枯らせば義之が消えてしまう。 初音島の人々か義之かという最悪の選択を突きつけられた音姫は、絶望感に苛まれてしまうのだった。
　そんなとき、昼食もとらず思い詰めていた自分を心配し、義之が声をかけてきた。 だが音姫は、何も話さず義之のもとから逃げ去るしかできない。 それでも気遣おうとする彼に、音姫はついに「放っておいて」ときつく言い放ってしまう。 真実を話せるわけもなく、どうすればいいのかわからない音姫の精神は追い詰められていく。 そんな心情を察した純一は、彼女を慰めると同時にあることを告げるのだが……。

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　音姫は原因不明の事故を調査するうち、「現場で必ず金髪の少女を見かける」という事実を知る。 それを確かめようと、事故が起こった直後の場所に出向いた彼女は、そこでさくらの姿を目撃。 やがて、枯れない桜の木の下で、彼女本人に真相を問い詰めた音姫は衝撃の真相を打ち明けられる。
　枯れない桜が人々の願いを叶えるという噂は本当だった。 だが、その桜が欠陥をもっているため、純粋な願いだけでなく悪い願いも引き寄せ、叶えようとしてしまう。 そこでさくらは、自分に備わっている力でこれまで悪い願いを制御し続けてきた。 しかし、次第に処理しきれなくなり、悪い願いがこぼれ出るようになってしまう。 その影響で初音島全体で事故が多発するようになったため、さくらはそれを未然に防ごうと、事故が予想される場所に出向くようになった。 だが、彼女一人で同時に複数の現場に向かうことはできず、限界が近づいている。 それらの事故を完全になくすためには、さくらの力で桜を枯らせば良いのだが、彼女にそれができるはずがない。 なんと、義之はさくらの願いを聞き入れた桜によって生み出された存在で、もし木が枯れれば彼も消えてしまうというのだ……。
　その事実を聞いて、音姫はただ泣き崩れるばかり。 そんな彼女に希望を持たせるように、さくらは「とっておきの方法がある」と告げ、笑顔を見せる。 はたして、さくらの言う方法とは何なのか……？

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　大晦日の夜、芳乃家で忘年会が行われた。義之、音姫、由夢、さくらの４人で食卓を囲み、御馳走の数々を堪能する。 会話は弾み団欒の時は続くも、突然、甘酒で酔った音姫と由夢が義之に絡みだしてしまう。 ろれつの回らなくなった調子で急に笑いだす音姫、義之に何かと文句をつける由夢。 普段の真面目な姿から変貌した２人に義之はウンザリ。 こうして、芳乃家の大騒ぎの夜は更けていくのだった。
　明けて元旦。義之は姉妹とともに神社へ初詣に出かけた。 そこでおみくじを引く義之と音姫だったが、由夢はなかなか引こうとしない。 彼女は、「大凶」のおみくじを引くという予知夢を見ていたのだ。 そんな事情を知らない義之が由夢の代わりに引いてみるが、結果は案の定「大凶」。 しかし、悪い運勢を変えるためにも、由夢は翌日、出かけようとする義之に「夜６時に帰ってきてほしい」と頼む。 １月２日は由夢にとって大切な日のため、どうしても義之とともに過ごしたかったのだ。 彼はそのことを知らず由夢の思いを汲み取れなかったが、頑なに頼んでくる彼女に従い、時間通りに帰るという約束を交わした。 その後、音姫とともに原因不明の事件の調査を続けていた義之は、彼女から今日が由夢の誕生日であることに気付かされる。 そこで義之は、６時に間に合うよう由夢のもとへ戻る途中で、ショッピングモールで彼女へのプレゼントを買うことに。 満足のいくプレゼントがすぐ見つかり、安堵する義之。 ところがその直後、彼は予想だにしない異常事態に巻き込まれてしまう……。

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　初音島全域で、原因不明の火事や事故などが起きるようになった。 義之は、そのことに妙な胸騒ぎを覚えた音姫とともに原因を突き止めようと、冬休みを利用して図書館で詳しく調べることに。 だが結局判明したことは、事件は毎日のように多発しているにも関わらず、まだ死者が一人も出ていないことだけ。 とはいえ、これも偶然では片付けられない事実であることは間違いない。 ますます事件の関連性が気になった義之は、不思議な現象の調査を得意とする杉並に協力をあおぎ、彼の自慢の情報網・非公式新聞部の資料を借りて目を通した。 初音島における過去半世紀以上に渡る数々の出来事が収められた極秘資料。 そこには事件ではなく不思議な噂がまとめられていたが、それらはすべて50年前に集中していたため、不思議に思った義之と音姫は純一に当時の話を聞いてみることに。
　２人を前にして、純一は昔を懐かしみながら話しはじめた。 その中で、歌が得意で人の心が読める少女や、猫から人間になった料理好きの少女の話が出てきたときには、さすがの音姫も冗談かと思ったが、初音島名物である枯れない桜が彼女たちの願いを叶えたのだという。 今でも、その桜に恋愛成就の噂はある。しかし、自身の努力では決して成し得ない願いさえも本当に叶えられるとしたら……？　 にわかには信じられない話だが、念のため枯れない桜を調べはじめた義之たちは、やがてある人物から衝撃の事実を告げられる……。

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　３日間続いたクリスマスパーティーも終わり、義之たちは初音島を離れ仲間内でスキー旅行に出かけた。 メンバーは、義之、音姫、由夢、小恋、杏、茜、ななか、渉、杉並。 やがてゲレンデに到着した彼らは、初音島では見られない降り積もった雪に歓喜の声を上げる。 早速滑ろうとする義之だったが、由夢がいないことに気付き音姫に尋ねた。 なんでも彼女は、長距離の移動で疲れたため休んでいるという。そこでひとまず由夢以外の全員で、スキーを楽しむことにした。 経験者の義之と音姫は最初から華麗な滑りを見せ、初心者である雪月花の３人はななかに指導を受ける。 そして渉は転びまくり、その傍を杉並がエッジをきかせて滑り降りるのだった。
　思い思いにたっぷりと滑ったあと、食事を満喫しながらスキー談義に花を咲かせる。 だが、まだ滑っていない由夢は一人会話から取り残されていた。 そこで義之は、由夢をナイトスキーへ誘おうとするも、なぜか断られてしまう。 ところがその後、風呂上がりにみんなで部屋へ集まろうとしていた際、義之はスキーウェアに着替えた由夢が外へ出て行くところを目撃。 音姫から「由夢が湯当たりした」と聞いていた義之は、体を冷ますために滑りに行ったのだと思い、彼女の後を追うことに。 そして由夢のもとへ姿を見せた彼は、一緒に滑ろうと改めて誘う。だが、由夢はその誘いを振り切り、一人で滑りはじめた。 一体、由夢が自分を何度も避ける理由は何なのか。そう考えながら再び彼女を追う義之。 だがそのとき、彼の目の前で由夢が驚くべき事態に見舞われてしまう！

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　ついにクリスマスパーティー当日。人形劇のほかに予定が決まっていなかった義之は、由夢とともに学校へ向かう途中、彼女に「一緒に校内の出し物を見て回ろう」と誘う。 由夢は密かに彼と行くことを望んでいたため、その嬉しさを悟られないよう誘いを受けるのだった。 そして学校到着後、クラスで人形劇の通し稽古を終えた義之は由夢のクラスに出向き、彼女と２人でパーティーを楽しむ。 幸せそうな表情を浮かべながら、義之と腕を組みながら歩く由夢はまるで恋人のようだった。
　そんな楽しい時も束の間、義之は人形劇の本番に備えクラスに戻ることに。 だが、そこには緊張とは異なる重い空気が漂っていた。 なんと、今まで風邪を引きながらも練習に参加していた小恋が、ついに倒れてしまったというのだ。 代役を立てようにも、今から多くの台詞を覚えるのは到底無理。 杏や麻耶も諦めの声を漏らすが、そのとき義之が起死回生の解決策を思いつく。 自分の練習に何度も付き合い、すでにヒロインの台詞を完璧に覚えている音姫なら代役にふさわしい、と。 ちょうど劇を見ようと義之のクラスを訪れていた音姫は、彼らから突然の頼みを受けて困惑するも、真剣な思いに心を動かされ出演を決める。 とはいえ、彼女は人前で演技することが恥ずかしいらしく、普段の毅然とした姿とはほど遠い緊張ぶりを見せていた。 そんな音姫を励まし、落ち着かせる義之。ほどなくして人形劇の幕が上がった。 はたして、義之と音姫は劇を成功させることができるのか……!?

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　ある日の昼休み、義之は音姫に誘われ、生徒会室で昼食をとっていた。 これまで、毎晩のように彼の家で人形劇の練習に付き合っていた音姫は、今日も練習にやる気を見せている。 だが義之は、家でも学校でも練習続きのため気乗りしない様子だった。 そこで彼女は、気分を変えるため自分の部屋で練習しようと提案。 義之は久しぶりに朝倉家を訪れるいい機会だと考え、その誘いを承諾した。
　その夜、朝倉家にやってきた義之は、最初は落ち着かない様子を見せるも、次第に昔の感覚を思い出す。 朝倉家は、彼がかつて住んでいた場所でもあったのだ。 古巣に戻ってきた義之は、改めて「ただいま」と挨拶すると、音姫たちの祖父・純一を交えて４人で鍋を囲み、談笑を楽しむ。 その後、彼は音姫の部屋で彼女とともに人形劇の練習に励むのだった。 そんな合間、一息ついていた義之は、音姫が部屋の片づけをしていて見つけたという昔のアルバムを見ることに。 ところが、そこに収められた幼い頃の音姫は、今と違って笑顔が少なかった。 義之はそれに気付いたことで、翌日、昔の光景を夢で見るようになる。 なぜか、いつも寂しそうにしていた幼い音姫。彼女を心配した義之が遊びに誘うも、音姫は応じず冷たい言葉を返すばかりだった。 そんな彼女が笑顔を浮かべ、義之に甘い態度を取るようになったきっかけとは……？

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　各クラスでクリスマスパーティーの準備が盛んな中、人形劇で使用する大道具の製作に取りかかる義之たち。 一方、杏はシナリオの終盤を修正するべきかどうかで頭を悩ませていた。 ただのハッピーエンドは安直ではないかと心配していたのだ。そんな彼女に対し、義之は「杏の好きなように書くのが一番」と助言。 その言葉に励まされた杏は、新たなシナリオを書き上げる。 ところが、シナリオのことで悩み寝不足だった上に徹夜を続けていたため、彼女はついに高熱を出して倒れてしまう。
　倒れた杏を介抱し保健室に連れていった義之は、その後、自宅療養を勧めた養護教諭の水越とともに、杏の家まで付き添うことになった。 水越の車で辿り着いた雪村家はなんと、和風の豪邸だった。 あまりの大きさに驚く義之だったが、その広さに反して、中に入ってもなぜか人気を感じない。 聞けば杏は子供の頃に両親に捨てられ、養女として迎えてくれた祖母と２人だけで暮らしていたという。 だがその祖母も、杏が風見学園へ入学する直前に亡くなってしまい、それから彼女はずっと一人暮らしだったのだ。 義之は彼女の過去を初めて知り、同じように両親がいない自分の過去と重ねた。 だが、今の義之には朝倉姉妹やさくらがいる。それに対し杏は、本当に孤独な空間で生活しているのだ。 彼女は余計な心配をかけさせまいと、この事実を親友である小恋や茜にも話していないという。 しかし義之は、杏を孤独感から解放しようと彼女の過去を小恋たちに打ち明けたあと、杏に対してあることを提案する。 義之は、彼女を元気づけることができるのか？

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　初音島に寒さが訪れた12月のある朝、眠りからなかなか覚めずにいた義之は、耳元で音姫と由夢がささやく声を聞く。 それに気付き、義之がぼんやりと目を開けると……なんと２人も義之のベッドにいた。 聞けばいつも３人で一緒に寝ているというのだが、義之には覚えがない。 状況を把握できていない彼に対し、音姫と由夢は「お仕置き」と称して、かわいらしい唇を近づけていく……。
　ところが、実際に義之の顔に触れたのは、さくらが押し当てた熱い缶コーヒーだった。 あまりの熱さにたちまち目覚めた彼は、先ほどの光景が夢だったと理解する。 そもそも、音姫と由夢は幼なじみで姉妹同然の間柄。あのような甘い出来事があるはずがないのだ。 頭のモヤを振り切った義之は、登校の準備を整え家を出る。そこには、夢とは違ういつもの音姫と由夢が迎えに来ていた。 そしていつものように、３人は桜並木を歩き風見学園へと向かうのだった。
　その後、義之が在籍する３年３組では、今月開催予定のクリスマスパーティーにおけるクラスの催し物を決める会議が行われた。 11月から議題に上がりながらもまだ決定していなかったため、委員長の麻耶は焦りと苛立ちを隠しきれない。 そんなとき、杏が人形劇を、杉並がお化け屋敷を提案。 多数決の末、ついに人形劇に決まったのだが、すでにシナリオを完成させているという杏の権限で、主人公は義之、ヒロインは小恋となってしまった。 しかも内容は恋愛もの。かつてお互いの気持ちがすれ違った経験のある２人にとっては気まずさがある。 だが、今は仲のいい友達関係を保っている彼らは、気持ちを切り替え稽古に励むことに。 また、渉や茜たちもそれぞれの役割で劇の準備を進めていく。桜の花びらが舞う中、平和な学園生活を過ごす義之たち。 そのとき、彼らは初音島にもたらされつつある異変にまだ気付いていなかった……。

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